2020-07-30

高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版 アカデミックパック 提供開始


株式会社レトリバ(本社:東京都新宿区、代表取締役 河原一哉、以下レトリバ)は、高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome(ゲゲゲノム)※1 パッケージ版」について教育機関や公的研究機関などを対象としたアカデミックパックを2020年7月30日より提供開始します。

GGGenomeパッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(以下DBCLS)の提供するGGGenomeウェブ版と同様の塩基配列検索を自社内のコンピュータ上で実施することが出来ます。
既に提供しているGGGenomeパッケージ版 創薬基本パックには、創薬研究に必要なヒト、カニクイザル、マーモセット、マウスの転写産物(mRNAおよびpre-mRNA)のデータベースとして理化学研究所の整備する創薬に資する霊長類のオミックスデータベースD3G ※2 が含まれており、すぐに検索を実施することが可能です。また、別料金にて、独自に保有する遺伝情報を検索対象に追加してご利用いただくことが出来ます。

GGGenomeパッケージ版 アカデミックパックは、上記のGGGenomeパッケージ版 創薬基本パックを教育機関や公的研究機関に所属される方々を対象に特別価格300,000円で提供するものです。

■「GGGenomeパッケージ版」アカデミックパックについての詳細はこちら
https://gggenome.retrieva.jp/

※1 GGGenomeは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
※2 D3G: Database for Drug Development based on Genome & RNA sequences. https://d3g.riken.jp/

■製品概要
製品名: 「GGGenomeパッケージ版」アカデミックパック
発売日:2020年7月30日
価格: 300,000円(税抜)
https://gggenome.retrieva.jp/

■購入対象者
・学校教育法で定められた大学 (大学院/短期大学/附属病院を含む)、高等専門学校、専修学校、専門学校及び各種学校
・官公庁、独立行政法人および国立研究開発法人

■GGGenomeについて
GGGenomeは、ゲノムや転写産物などの塩基配列を簡便かつ高速に検索することのできるソフトウェアです。
ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます(GGGenomeウェブ版https://GGGenome.dbcls.jp/)。
内部の文字列検索エンジンをレトリバが開発しており、ゲノムや転写産物などの塩基配列データから生成した接尾辞配列(suffix array)およびFM-indexとよばれる検索インデックスを、高速な補助記憶装置であるSSD上に配置することにより、高速で見落としのない検索を実現しています。

■関連リリース
高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版を提供開始 核酸医薬品やゲノム編集のオフターゲット検索を自社内で高速かつ的確に実施可能に(2020年3月25日)

【参考】GGGenomeウェブ版とパッケージ版の比較
GGGenomeウェブ版 GGGenomeパッケージ版
検索の秘匿性 一般のウェブサービスと同(HTTPSによる暗号化あり) オフラインで検索可能なため検索内容の漏洩を防止可能
検索可能なミスマッチ・挿入・欠失の制限 検索する配列長の25%まで 制限なし*
ヒット件数の制限 100,000件 10,000,000件*
検索実行時間の制限 30秒 1,800秒*
検索可能な塩基配列データベース 公開されたデータベースのみ 独自のデータベースを追加可能(オプション)
利用形態 https://GGGenome.dbcls.jp/より無償で利用可能** レトリバよりパッケージを購入しPCに導入して利用

* 実際に検索可能な範囲は使用するコンピュータの性能により異なります。
** DBCLSの公開するウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。

会社情報
【株式会社レトリバについて】
株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、テキストデータを効果的に活用するためのソフトウェア群を提供しています。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとして検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しています。
所在地:東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者:代表取締役 河原 一哉
資本金:1億円
事業内容:自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売・導入およびサポート
コーポレートサイト:https://retrieva.jp/

【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 市原
E-mail: pr@retrieva.jp